농지보전부담금 면제 후 5년 경과 시 매매 절차와 유의사항
농지를 공장용지로 전용하여 농지보전부담금을 면제받은 창업중소기업이라면, 5년 이내에 해당 부지를 매매하거나 임대할 경우 면제받은 부담금을 납부해야 한다는 조건을 알고 계실 것입니다. 그렇다면, 5년이 지난 후에 잔금을 받고 명의변경을 진행하면 문제가 없을까요? 오늘은 농지보전부담금 면제 후 5년 경과 시 매매 절차와 유의사항에 대해 살펴볼까 합니다.
명의변경 시점의 중요성
농지보전부담금 면제 조건에서 가장 중요한 것은 명의변경 시점입니다. 계약금과 중도금을 5년 내에 받더라도, 명의변경이 5년이 지난 후에 이루어진다면 부담금을 납부하지 않아도 됩니다. 따라서, 5년 내에 계약을 체결하고 일부 금액을 수령하더라도, 명의변경이 5년 이후에 완료되면 문제가 없습니다.
계약 체결 시점과 명의변경
계약 자체는 5년 내에 체결하더라도, 명의변경이 5년이 지난 시점에 이루어지면 농지보전부담금을 납부할 필요가 없습니다. 즉, 계약 체결 시점보다 명의변경 시점이 중요하므로, 5년이 지난 후에 잔금을 받고 명의변경을 진행하시면 됩니다.
잔금일과 명의변경
잔금일 기준으로 5년이 지난 시점에 명의변경을 하면 농지보전부담금을 납부하지 않아도 됩니다. 따라서, 계획하신 대로 5년이 지난 후에 잔금을 받고 명의변경을 진행하시면 문제가 없습니다.
추가 고려사항
- 계약서 작성 시 특약사항: 계약서에 명의변경 시점을 5년 이후로 명시하여, 추후 분쟁을 예방하는 것이 좋습니다.
- 법률 자문: 세법과 부동산 관련 법률은 복잡하므로, 전문 법무사나 세무사와 상담하여 정확한 절차를 따르시기 바랍니다.
참고 자료
- 농지보전부담금 납부 대상 및 납부 방법
- 농지보전부담금 계산, 납부절차, 분할납부 방법 알아보기
- 농지에 집을 지으려면- 농지전용허가 및 농지보전부담금
추가적으로 농지를 다른 용도로 전용하려는 경우, 농지보전부담금의 납부는 필수적입니다. 이 부담금은 농지의 보전과 관리를 위해 부과되며, 납부 대상, 계산 방법, 납부 절차 및 분할 납부 방법에 대해 자세히 살펴보시기바랍니다.
농지보전부담금이란?
농지보전부담금은 농지를 전용하여 면적이 감소하는 경우, 그 원인자에게 부과되는 공적 부담금입니다. 이는 농지의 보전 및 조성을 위한 재원으로 활용됩니다.
납부 대상
다음과 같은 경우에 농지보전부담금의 납부 대상이 됩니다:
- 농지전용허가를 받는 자: 농지를 다른 용도로 사용하기 위해 전용허가를 받는 경우.
- 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자: 해당 지역의 농지를 전용하는 경우.
- 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자: 신고를 통해 농지를 전용하는 경우.
- 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 경우: 특정 법률에 의해 농지전용허가가 포함된 인가·허가·승인 등을 받는 경우.
계산 방법
농지보전부담금은 전용하려는 농지의 면적과 개별공시지가를 기준으로 산정됩니다:
- 산출 공식: 전용 면적(㎡) × 개별공시지가 × 30%
- 상한액: ㎡당 최대 5만 원
예를 들어, 개별공시지가가 190,000원인 농지를 전용하려는 경우:
- 190,000원 × 30% = 57,000원
- 그러나 상한액이 5만 원이므로, ㎡당 부담금은 5만 원으로 계산됩니다.
따라서, 전용 면적이 3,000㎡라면 총 부담금은 5만 원 × 3,000㎡ = 1억 5천만 원이 됩니다.
납부 절차 및 시기
농지보전부담금은 농지전용허가 또는 신고 전까지 납부해야 합니다. 다른 법률에 따라 농지전용허가나 신고가 의제되는 경우에는 인가·허가·승인 전까지 납부해야 합니다.
분할 납부 방법
일시 납부가 어려운 경우, 분할 납부가 가능합니다:
- 개인: 부담금이 2천만 원 이상인 경우.
- 법인: 부담금이 4천만 원 이상인 경우.
분할 납부 시:
- 초기 납부: 부담금의 30%를 허가 전까지 납부.
- 잔액 납부: 나머지 70%는 4년 이내에 4회 분할하여 납부하되, 최종 납부일은 목적사업 준공일 이전이어야 합니다.
분할 납부를 신청하려면 관할청에 관련 서류를 제출하고, 분할 잔액에 대한 보증보험증권 등을 예치해야 합니다.
감면 대상
일부 경우에는 농지보전부담금이 감면될 수 있습니다:
- 공공복리에 기여하는 경우: 공익 목적의 전용 시.
- 농업인 필수시설: 농업 생산성을 높이기 위한 시설 전용 시.
감면 여부는 관련 법령에 따라 결정되므로, 자세한 사항은 해당 지자체나 관련 기관에 문의하시는 것이 좋습니다.
- 대법원 2024. 7. 25. 선고 2024두38575 판결 -
작성자 : 김현우 변호사 (링크)
1. 사실관계
소외 A는 농지인 파주시 소재 토지에 공장을 신축하여 목재 보존업 등을 하는 사업을 창업하기 위하여, 구 중소기업창업 지원법(2016. 1. 27. 법률 제13868호로 개정되기 전의 것) 제33조에 따른 사업계획승인을 신청하여 2015. 12. 18. 승인을 받았습니다.
이처럼 사업계획승인을 받을 당시에 구 중소기업창업 지원법 제35조 제1항에 따라 농지의 전용허가에 대한 협의가 이루어져 농지의 전용허가를 받은 것으로 의제되었고, A는 같은 법 제39조의3 제1항 제1호에 따라 농지보전부담금을 면제받았습니다.
구 중소기업창업 지원법 제39조의3(부담금의 면제) 제1항 제1호에서는 농지법에 따른 농지보전부담금을 같은 법 제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여는 사업을 개시한 날부터 5년 동안 농지보전부담금을 면제해주도록 규정하고 있었습니다(현행법에서는 제23조에서 공장 설립계획의 승인을 받은 창업기업에 대하여는 사업을 개시한 날부터 7년 동안 부담금을 면제해주고 있습니다).
이후 A는 위 토지에 이 사건 공장건물을 건축하여 2016. 9. 1. 건축물대장에 신규등록을 마쳤고, 2017. 2. 1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제16조에 따라 공장등록을 마쳤습니다.
한편, 위 토지는 다른 공장용지와 합병되었다가 다시 2개 토지로 분할되었는데, 각각의 분할된 토지가 A로부터 이 사건 원고들에게 매도되어 각각 소유권이전등기가 경료되었습니다.
그리고 원고들은 2021. 12. 17.경 ‘창업공장’ 부지에서 ‘창고시설’ 또는 ‘일반공장’ 부지로 용도변경에 대한 승인을 받았습니다.
이에 이 사건 피고 파주시장으로부터 농지보전부담금 부과 및 수납 업무를 위탁받은 피고 소송참가인 한국농어촌공사는, 2021. 12.경 원고들이 농지보전부담금이 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 그 전용목적이 완료된 날인 위 공장등록일(2017. 2. 1.)로부터 5년 이내에 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려고 한다는 이유로 원고들에게 농지법 제40조 제2항에 따라 농지보전부담금을 내라고 고지하는 이 사건 처분을 하였습니다.
2. 쟁점
농지법 제40조(용도변경의 승인) 제1항에서는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 절차를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 자치구청장의 승인을 받아야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제59조 제1항에서는 ‘법 제40조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기간이란 5년을 말한다.’고 하고 있으며, 제2항에서는 ‘제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.’고 규정하고 있습니다.
이에 따라서 ‘준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우’라면 농지전용부담금을 낼 필요성이 없는 것인지, 아니면 준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우이면서 동시에 실질적으로도 농지의 전용목적이 완료되었다고 볼 수 있는지 여부가 문제되었습니다.
건축물대장에 등재된 날은 2016. 9. 1.이고, 공장등록을 마친 것은 2017. 2. 1.이어서, 원고들이 부지의 용도변경에 대한 승인을 받은 2021. 12. 17.경은 건축물대장 등재일로부터 5년은 경과하였으나, 공장등록을 마친 날로부터 5년은 경과하지 아니하였기 때문에, 피고측은 이를 문제삼았던 것입니다.
3. 원심 판결
원심 판결은, 원고들이 이 사건 공장이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지나 이 사건 각 토지를 양수하고 용도변경에 대한 승인을 받았으므로 농지보전부담금 납부의무를 부담하지 않는다고 판단하였습니다.
즉, 원고들은 이 사건 공장건물이 건축물대장에 등재된 2016. 9. 1.로부터 5년이 경과한 후에 위 각 토지를 취득하였으므로 농지법 제40조 제2항에 의한 농지보전부담금을 낼 의무가 없다는 것입니다.
4. 대법원 판결
이에 대하여 대법원은 아래와 같이 판시하였습니다.
『농지법 제40조 제1항은 농지전용허가를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 관할관청의 승인을 받아야 한다.”고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다.”라고 규정한다.「농지법 시행령」 제59조 제1항은 “법 제40조 제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 기간’이란 5년을 말한다.”라고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.”라고 규정한다.
위 규정에 의하면, 농지를 어떤 시설물의 부지로 사용할 목적으로 농지전용허가를 받고 그 시설물의 준공검사필증 교부일 또는 그 시설물이 건축물대장에 등재된 날로부터 5년이 지난 경우에는 이를 위 목적과 다른 목적으로 사용하려고 하더라도 농지법 제40조 제2항에 의한 농지보전부담금을 낼 의무가 없고, 이와 별도로 농지의 전용목적이 실질적으로 완료되었는지를 따져볼 필요는 없다. 이유는 다음과 같다.
농지보전부담금에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 참조).
위 각 규정의 문언 및 체계상 「농지법 시행령」제59조 제2항의 ‘해당 시설물’은 농지법 제40조 제2항의 ‘시설’, 즉 농지전용허가를 받은 토지가 부지로 사용되고 있는 시설을 의미하는 것이 분명하다.
「농지법 시행령」 제59조 제2항에서 해당 시설물의 ‘준공검사필증을 교부한 날’ 또는 ‘건축물대장에 등재된 날’은 ‘그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날’의 예시라고 보는 것이 문맥과 체계상 자연스럽고, 위 조항을 준공검사필증이 교부되거나 건축물대장에 등재된 경우에도 농지의 전용목적이 실질적으로 완료될 것을 요구하여 이에 대한 별도의 심사를 해야 하는 것으로 해석하기는 어렵다.
또한 농지 위에 시설물이 건축되어 준공검사필증이 교부되거나 건축물대장에 등재가 이루어졌다면, 이미 그 농지는 사실상 원상회복이 어려울 정도로 농지로서의 기능을 상실하였고 그 시설물의 부지로서 농지전용 목적사업에 사용되고 있다고 볼 수도 있다.』
5. 판결의 의의
위와 같은 대법원 판결은 아래와 같은 의의가 있으므로, 실무상 참고하시기 바랍니다.
① 부과 고지는 한국농어촌공사가 하였으나, 행정소송은 파주시장을 상대로 제기해야 한다는 점
위 대법원 판결을 통하여, 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두43095 판결의 법리에 따라 한국농어촌공사가 대행자로서 농지보전부담금의 납부통지를 하였더라도, 이에 대한 행정소송의 피고는 한국농어촌공사가 아니라 농지보전부담금의 부과결정을 한 파주시장을 상대로 소송을 제기하여야 한다는 점을 알 수 있습니다.
(참고판결) 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두43095 판결
「이러한 사실관계를 앞서 본 관계 법령 및 법리에 따라 살펴보면, 피고 농림축산식품부장관이 2016. 5. 12. 원고에 대하여 농지보전부담금 부과처분을 한다는 의사표시가 담긴 2016. 6. 20.자 납부통지서를 수납업무 대행자인 피고 한국농어촌공사가 원고에게 전달함으로써, 이 사건 농지보전부담금 부과처분은 성립요건과 효력 발생요건을 모두 갖추게 되었다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결 참조). 나아가 피고 한국농어촌공사가 ‘피고 농림축산식품부장관의 대행자’ 지위에서 위와 같은 납부통지를 하였음을 분명하게 밝힌 이상, 피고 농림축산식품부장관이 이 사건 농지보전부담금 부과처분을 외부적으로 자신의 명의로 행한 행정청으로서 항고소송의 피고가 되어야 하고, 단순한 대행자에 불과한 피고 한국농어촌공사를 피고로 삼을 수는 없다.」
② 농지의 전용목적이 실질적으로 완료될 필요성이 있는지 여부
이 사건에서 농지의 전용목적이 ‘실질적으로 완료되었는지 여부’를 심사할 필요가 없이 건축물대장 등재일로부터 5년이 경과하면 농지전용부담금을 부과할 수 있다는 점을 명시적으로 인정하였다는 점에서 의미가 있는 판결입니다.